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์†Œ๊ฐœ

ImageJ๋Š” ๋ฏธ๊ตญ ๊ตญ๋ฆฝ๋ณด๊ฑด์›(NIH)์—์„œ ์—ฐ๊ตฌ์šฉ์œผ๋กœ ๋งŒ๋“  Java ๊ธฐ๋ฐ˜์˜ ์ด๋ฏธ์ง€ ์ฒ˜๋ฆฌ ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ์ž…๋‹ˆ๋‹ค. Java ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ์„ ํ†ตํ•ด ๊ธฐ๋Šฅ์„ ํ™•์žฅํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋„๋ก ๊ฐœ๋ฐฉํ˜• ์•„ํ‚คํ…์ฒ˜๋กœ ์„ค๊ณ„๋˜์–ด์žˆ์–ด, ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ์„ ์„ค์น˜ํ•˜๋ฉด ๋”์šฑ ๋‹ค์–‘ํ•œ ๊ธฐ๋Šฅ์„ ์‚ฌ์šฉํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

ImageJ ์‹คํ–‰ ํ™”๋ฉด

์ฃผ์˜
 
 

์ฐธ๊ณ ๋กœ, Mono 8bit ๋ฐ RGB 24bit ํฌ๋งท์ด ์•„๋‹Œ ์ด๋ฏธ์ง€ ํŒŒ์ผ์„ Windows์—์„œ ์ œ๊ณตํ•˜๋Š” ์‚ฌ์ง„ ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ์œผ๋กœ ๋ถˆ๋Ÿฌ์˜ค๋ฉด, ์ •์ƒ์ ์œผ๋กœ ํ‘œ์‹œ๊ฐ€ ๋˜์ง€ ์•Š์Šต๋‹ˆ๋‹ค. ํฌํ† ์ƒต๊ฐ™์ด ์ „๋ฌธ์ ์ธ ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ ์™ธ์—, ImageJ๋‚˜ GIMP์™€ ๊ฐ™์€ ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ์„ ์‚ฌ์šฉํ•ด์•ผ ์ œ๋Œ€๋กœ ํ™•์ธํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

ํŠน์ง•

์ฃผ์š” ํŠน์ง•์„ ์•Œ์•„๋ณผ๊นŒ์š”?

  • Lunux, Mac OS X, Windows ๋ชจ๋‘ ์‹คํ–‰ ๊ฐ€๋Šฅํ•˜๋ฉฐ, 32bit ๋ฐ 64bit ์ง€์›.
  • Java Source code ์ž์œ ๋กญ๊ฒŒ ์‚ฌ์šฉ ๊ฐ€๋Šฅ.
  • ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ์œผ๋กœ ๊ธฐ๋Šฅ ํ™•์žฅ๊ฐ€๋Šฅ.
  • ์„ธ๊ณ„์—์„œ ๊ฐ€์žฅ ๋น ๋ฅธ pure Java ์ด๋ฏธ์ง€ ์ฒ˜๋ฆฌ ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ.
  • 8bit, 16bit, 32bit ๋ฐ RGB Color ํฌ๋งท ์ง€์›.
  • GIF, JPEG, BMP, PNG, DICOM, RAW ๋“ฑ ๋‹ค์–‘ํ•œ ํŒŒ์ผ ํฌ๋งท ์ง€์›.
  • Image Enhancement, Geometric Operations, Analysis, Editing, Color Processing, Stacks ๋“ฑ ๋‹ค์–‘ํ•œ ์ฒ˜๋ฆฌ ์ง€์›.

๋‹ค์šด๋กœ๋“œ ๋ฐฉ๋ฒ•

ImageJ ๊ณต์‹ ํ™ˆํŽ˜์ด์ง€์— ์ ‘์†ํ•˜์—ฌ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

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OS์— ๋งž๋Š” ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ ํ•ญ๋ชฉ์„ ์„ ํƒํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

๋‹ค์šด๋กœ๋“œ ํ™”๋ฉด

๋‹ค์šด๋กœ๋“œํ•˜๋ฉด ์••์ถ• ํŒŒ์ผ์ด ์žˆ๊ณ , ์••์ถ•์„ ํ•ด์ œํ•˜๋ฉด ์‹คํ–‰ํŒŒ์ผ์ด ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค. ์„ค์น˜ํ˜•์ด ์•„๋‹ˆ๋ฏ€๋กœ ํŽธ๋ฆฌํ•˜๊ฒŒ ๋ฐ”๋กœ ์‹คํ–‰ ๊ฐ€๋Šฅํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

ImageJ ์‹คํ–‰ ํŒŒ์ผ

ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ์œผ๋กœ ๊ธฐ๋Šฅ ํ™•์žฅํ•˜๊ธฐ

ImageJ๋Š” 500๊ฐœ๊ฐ€ ๋„˜๋Š” ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ์„ ์ง€์›ํ•˜๊ณ  ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค. ์ € ๊ฐ™์€ ๊ฒฝ์šฐ์—๋Š” ๊ธฐ๋ณธ ๊ธฐ๋Šฅ์œผ๋กœ ์ถฉ๋ถ„ํ•ด์„œ ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ์„ ์‚ฌ์šฉํ•˜์ง„ ์•Š์ง€๋งŒ, ์ฐพ์•„๋ณด๋ฉด ์œ ์šฉํ•œ ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ์ด ๋งŽ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

๋งํฌ: imagej.nih.gov/ij/plugins/index.html#utilities

 

Plugins

Contents     Acquisition     Analysis     Collections     Color     Filters     Segmentation     Graphics     Input/Output     Programming Examples     Scripting     Stacks     Tools     Toolsets     

imagej.nih.gov

ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ์œผ๋กœ ์ œ๊ณตํ•˜๋Š” ์ฃผ์š” ๊ธฐ๋Šฅ์€ ๋‹ค์Œ๊ณผ ๊ฐ™์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

  • Acquisition
  • Analysis
  • Collections
  • Color
  • Filters
  • Segmentation
  • Graphics
  • Input/Output
  • Scripting
  • Stacks
  • Tools
  • Toolsets
  • Utilities

์„ค์น˜ ๋ฐฉ๋ฒ•์€ ์•„์ฃผ ๊ฐ„๋‹จํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ๋ณธ๋ฌธ์—์„œ๋Š” ์˜ˆ์‹œ๋กœ Segmentation > Otsu Thresholding์„ ์„ค์น˜ํ•ด ๋ณด๊ฒ ์Šต๋‹ˆ๋‹ค. ์•„๋ž˜์™€ ๊ฐ™์ด ๋‹ค์šด๋กœ๋“œํ•  ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ ์ด๋ฆ„์„ ํด๋ฆญํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ ์„ ํƒ

ํŠน์ • ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ ํŽ˜์ด์ง€๋กœ ์ด๋™ํ•˜๋ฉด, ํ•ด๋‹น ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ์„ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ

๋‹ค์šด๋กœ๋“œํ•œ ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ ํŒŒ์ผ์„ ImageJ > plugins ๊ฒฝ๋กœ ๋˜๋Š” ํ•˜์œ„ ํด๋” ์–ด๋””์—๋“  ๋ถ„๋ฅ˜ํ•˜์—ฌ ๋ถ™์—ฌ ๋„ฃ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

๋‹ค์šด๋กœ๋“œ ๋ฐ›์€ ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ ํŒŒ์ผ ๋ถ™์—ฌ๋„ฃ๊ธฐ

๋งˆ์ง€๋ง‰์œผ๋กœ ImageJ๋ฅผ ์žฌ์‹คํ–‰ํ•˜๋ฉด, ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ ๋ฐ›์€ ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ ๋ฉ”๋‰ด๊ฐ€ ํ‘œ์‹œ๋˜์–ด ์‚ฌ์šฉ ๊ฐ€๋Šฅํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

์„ค์น˜๋œ Otsu Thresholding

ํ•ด๋‹น ํ”Œ๋Ÿฌ๊ทธ์ธ์˜ ์‹คํ–‰ ๊ฒฐ๊ณผ๋Š” ์•„๋ž˜์™€ ๊ฐ™์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

Otsu Thresholding ๊ฒฐ๊ณผ

์‚ฌ์šฉ ๋ฐฉ๋ฒ•

ImageJ๋ฅผ ์‹คํ–‰ํ•˜๋ฉด ์•„๋ž˜์™€ ๊ฐ™์ด ์ž‘์€ ํˆด ๋ฐ”(Tool bar) ํ˜•ํƒœ๋กœ ์‹คํ–‰๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

ImageJ ์‹คํ–‰ ํ™”๋ฉด

์ด๋ฏธ์ง€ ๋ถˆ๋Ÿฌ์˜ค๊ธฐ

์ด๋ฏธ์ง€๋ฅผ ๋ถˆ๋Ÿฌ์˜ฌ ๋•Œ์—๋Š” File > Open ๋ฉ”๋‰ด๋ฅผ ํด๋ฆญํ•˜๊ฑฐ๋‚˜, ์ด๋ฏธ์ง€ ํŒŒ์ผ์„ Drag & Drop ํ•˜์—ฌ ๋ถˆ๋Ÿฌ์˜ฌ ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

์ด๋ฏธ์ง€๋ฅผ ๋ถˆ๋Ÿฌ์˜จ ๋ชจ์Šต

ํ™•๋Œ€/์ถ•์†Œํ•˜๊ธฐ

Ctrl + ๋งˆ์šฐ์Šค ํœ ์„ ์‚ฌ์šฉํ•˜์—ฌ ํ™•๋Œ€/์ถ•์†Œ๊ฐ€ ๊ฐ€๋Šฅํ•˜๊ณ , ํ™•๋Œ€ ์ƒํƒœ์—์„œ Drag & Drop์œผ๋กœ ์ด๋™ํ•˜๊ณ  ์‹ถ์œผ๋ฉด ์•„๋ž˜ ์•„์ด์ฝ˜์„ ํด๋ฆญํ•˜๋ฉด ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

ํ™•๋Œ€ ์ƒํƒœ์—์„œ ๋งˆ์šฐ์Šค Drag & Drop ์ด๋™ ๋ฐฉ๋ฒ•

์ด๋ฏธ์ง€ ๋ถ„์„ํ•˜๊ธฐ

Histogram ๋ฐ Plot Profile, Pixel Area/Min/Max ๋“ฑ ์ด๋ฏธ์ง€ ๋ถ„์„ ๊ธฐ๋Šฅ์€ Analyze ๋ฉ”๋‰ด๋ฅผ ํ†ตํ•ด ์‚ฌ์šฉ ๊ฐ€๋Šฅํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

์ด๋ฏธ์ง€ ๋ถ„์„ ๊ธฐ๋Šฅ

์ด๋ฏธ์ง€ ์ฒ˜๋ฆฌํ•˜๊ธฐ

๊ฐ์ข… Filter ์ฒ˜๋ฆฌ, FFT ๋ณ€ํ™˜ ๋ฐ ๊ฐ์ข… ์ด๋ฏธ์ง€ ์ฒ˜๋ฆฌ ๊ด€๋ จ ์—ฐ์‚ฐ์€ Process ๋ฉ”๋‰ด๋ฅผ ํ†ตํ•ด ์‚ฌ์šฉ ๊ฐ€๋Šฅํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

์ด๋ฏธ์ง€ ์ฒ˜๋ฆฌ ๊ธฐ๋Šฅ

 

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